Mi e' successo la stessa cosa nel 2010, ma al primo rinvaso; un sacco era evidentemente contaminato con spore e mi sono ritrovato funghi dappertutto ... uscivano anche dai fori di drenaggio in fondo ai vasi.
I miei pero' erano piu' grossi, proprio classici funghetti
Di per se non sono un problema, ma puoi provare a contenerne la proliferazione innaffiando le piante (solo una volta) con ossicloruro di rame molto diluito. Il rame e' tossico per i funghi, ma non per le radici delle piante.
Poi armati di pazienza e rimuovi tutti quelli che vedi, man mano che spuntano; e' importante non dare il tempo alle spore di formarsi, altrimenti la diffusione diventa incontrollabile.
Al piu' tardi, quando metterai le piante al sole, il problema si risolvera' da solo; i funghi, com'e' noto, non amano il sole